En 1988 gracias al protagonismo y sensibilidad social de un voluntario Francés, Michel Gregoire, nace Enda Bolivia en la ciudad de El Alto, como parte de un movimiento internacional, denominado Medio Ambiente y Desarrollo en el Tercer Mundo, cuyas siglas en ingles son ENDA TM.
Enda Bolivia registra los siguientes hitos históricos desde su fundación:

1989, dando inicio a las actividades de la nueva organización, se enfatiza el trabajo a favor de niños y adolescentes en situación de calle, desarrollando un programa de prevención contra el uso indebido de drogas con el apoyo de Naciones Unidas, que posteriormente se amplió hacia un programa de prevención de la marginalidad de niños, niñas y adolescentes trabajadores, en función al contexto socio económico de la ciudad de El Alto, exacerbado por una alta migración del sector minero y del sector rural del altiplano boliviano.

1992 Enda Bolivia amplió su campo de acción hacia tres ciudades del departamento del Beni: Trinidad, Riberalta y Guayaramerín, ciudades en las que se registraban altos índices de trabajo infantil en la Zafra de la Castaña. El programa propuesto se consolidó y fortaleció sus metodologías, obteniendo resultados importantes y un alto grado de impacto en la población atendida por este proyecto.

2010 A nivel institucional se produjo una descentralización técnica y administrativa de las cuatro sedes de Enda Bolivia; que a su vez permitió efectuar una evaluación al interno del programa y realizar un diagnóstico situacional externo de las ciudades en las que se tenía intervención. Este proceso permitió que la Sede El Alto de ENDA Bolivia, pueda reorientar su trabajo y proponer nuevas alternativas; se reorganizó la institución, renació la inquietud y la apertura a nuevos retos.

Se abre la Casa Fraternidad con la estructura de comunidad terapéutica con el apoyo de AECID y la Fundación Proyecto Hombre de España.

2012, se abre el Centro Terapéutico Minka para niñas y adolescentes víctimas de violencia, debido a los altos índices de violencia detectados en la atención a adolescentes en situación de calle.

2014, Premio de los derechos humanos, otorgado por la Comisión Nacional Consultiva de los Derechos Humanos del Gobierno de Francia, que se otorga cada año a organizaciones que trabajan en la defensa y restitución de los derechos humanos. En nuestro caso fue por el programa de atención integral a víctimas de violencia y trata y tráfico de personas.

2016 Enda El Alto incursiona con el apoyo de Caritas suiza, en un proyecto piloto de Prevención y Atención Temprana en Unidades Educativas, con niños, niñas y adolescentes que tienen problemas de conducta y se encuentran en riesgo de deserción escolar, a través de consejería estudiantil, grupos de autoconocimiento, actividades de prevención y procesos de formación con profesores.

Actualmente Enda El Alto es reconocida, porque se ha especializado en la atención terapéutica de niñas y adolescentes mujeres que han sido víctimas de violencia física, psicológica y sexual, de trata y tráfico, como también de adolescentes mujeres en situación de calle con problemas de adicciones y conductas disociales.